Under Kul- og stålunionen hed det ikke Kommissionen, men Den høje Myndighed og havde betydelig mindre magt end i dag. I takt med EU’s integration har Kommissionen fået mere magt. Siden 2014 har Jean-Claude Juncker fra Luxembourg været formand for Kommissionen.
Kommissionen varetager mange af de samme funktioner, som regeringen gør i Danmark, men der er også forskelle. Kommissionen må bl.a. ikke stemme om egne forslag, kun stille dem, ydermere må Kommissionen ikke udpege nye kommissærer, uden Europa Parlamentets samtykke. De 28 kommissærer har hver deres kompetenceområde, én fra hvert medlemsland. F.eks. har der været meget fokus på den danske kommissær, Margrethe Vestager, konkurrencekommissæren, og at hun går i clinch med internationale virksomheder, for at varetage den fri konkurrence inden for det indre marked.
Kommissærerne sidder fem år ad gangen, og de fleste af dem har tidligere været ministre i deres egne lande. Det er kommissærernes pligt at arbejde for EU’s fælles interesser, hvilket de også skriver under på ved tiltrædelse, det vil sige, uafhængige af nationale interesser. Der er dog til stadighed politiske kampe mellem medlemsstaterne og EU-parlamentet, om hvem der har ret til at bestemme den kommende kommissionsformand, de direkte folkevalgte til EU-parlamentet eller de indirekte folkevalgte via nationale valg?
